隋开皇九年正月二十二日，南征大军元帅晋王杨广正式进入陈朝都城建康。
从隋文帝杨坚发布命令到陈朝社稷覆亡，历时还不到三个月。陈朝於公元557年建国，到这一年（公元589年）覆灭，立国仅三十二年、历五帝而亡。此时，尽管广大的江南、岭南地区还有不少陈朝军队，但中枢政权的垮台无疑已经宣告了陈朝的灭亡。从这个意义上说，隋文帝杨坚已经完成了一统天下的历史使命。
杨广进入建康，一方面要保证军队对百姓秋毫无犯，以此收揽人心，另一方面却必须杀戮立威，以此震慑所有潜在的反抗势力。当天，杨广便逮捕了施文庆、沈客卿等一帮陈朝佞臣，宣布他们的罪状后，绑赴宫城之外斩首。
同日，杨广命高熲和另一个机要秘书裴矩收取陈朝的所有档案图籍，查封府库，无论官方还是民间的资财皆一无所取。此举迅速赢得了陈朝士民的心，也为年轻的晋王杨广树立了非常好的口碑。一时间，“天下皆称广，以为贤”。
（《资治通鉴》卷一七七）在隋军围攻建康的同时，长江中上游的隋军也与陈军展开了激烈的战斗。陈朝军队中实力较强的有两支：一是水军都督周罗睺，二是荆州（今湖北公安县）刺史陈慧纪。
当时，周罗睺与郢州刺史荀法据守州城（今湖北武汉市），与驻扎汉口的隋秦王杨俊（杨坚第三子）隔江对峙了一个多月，隋军始终未能前进一步。
荆州方面，刺史陈慧纪则派遣部将吕忠肃进驻歧亭（今湖北宜昌市北），扼守西陵峡，在两岸连接了三条大铁索，横截江面，阻止杨素东进。因当时朝廷已乱成一锅粥，施文庆又独掌大权，一意遏制军方，所以部队粮饷不继，吕忠肃就变卖了自己的全部家产，以供军需。
杨素和部将刘仁恩全力攻击吕忠肃，大小四十余战；吕忠肃据险而守，竭力死战，前后共歼灭隋军五千余人。陈军士卒每杀死一个敌人，必割下屍首的鼻子回去领赏，而杨素则明令部下，一旦俘虏陈军士兵，不但不能割鼻报复，反而必须将他们释放。
杨素的攻心战很快就取得了显着效果。所有被俘后又被释放的陈军士兵回到军营，莫不感叹隋军的仁义。於是，吕忠肃的军心逐渐瓦解，隋军开始反败为胜。吕忠肃不得不放弃阵地，退守荆门（今湖北枝城市西北）。杨素乘胜东进，率领以四艘五牙舰为首的舰队对陈军发起总攻，用撞击长杆击破陈军舰船十多艘，遂大破陈军，俘敌二千余人。吕忠肃全军溃散，仅以身免。
杨素率部继续东进，陈信州（今湖北宜昌县西）刺史顾觉弃城而逃。荆州刺史陈慧纪发现自己已经无险可守，便一把火烧掉了州城的所有武器粮秣和军用物资，率主力三万人和舰队一千余艘东下，准备回援建康。
陈慧纪行至汉口，遭遇杨俊阻截。而在此之前，被陈叔宝解除了职务的原湘州刺史、晋熙王陈叔文已偕巴州（今湖南岳阳市）刺史毕宝投降了杨俊。陈慧纪本欲拥立陈叔文为盟主，用他这面旗帜凝聚人心，得知他已降隋，顿时万念俱灰。
稍后，建康陷落，杨广命陈叔宝写信告谕长江中上游的所有军队将领，命他们投降。同时，杨广又派降将樊毅、陈正业（陈慧纪之子）去劝降周罗睺和陈慧纪。周罗睺意识到大势已去，遂与部将哀哭三日，然后解散部队，投降了杨俊。陈慧纪孤立无援，也旋即投降。
不久，杨素率部抵达汉口，与杨俊会师。至此，长江中上游全部平定。
随后，杨素派遣大将庞晖率部南下，兵锋直指湘州。此时，在湘州坐镇的是陈朝的岳阳王、年仅十八岁的陈叔慎（陈宣帝第十六子）。在社稷已经覆亡、整个长江防线的军事力量也已全盘瓦解的情况下，陈朝宗室的最后一脉骨血、年仅十八岁的陈叔慎顿时陷入了深深的忧惧和彷徨之中。
是要拿起武器战斗，为国家流尽最后一滴血？还是要开门迎降，当一个顺应历史潮流的识时务者？
陈叔慎思虑良久，最后决定试探一下众人的反应再做决断。他设下宴席，召集湘州的所有文武官员赴宴。酒酣耳热之际，陈叔慎端起酒杯，黯然神伤地说：“君臣大义，难道就到今天为止了吗？”湘州长史谢基看出了岳阳王的心思，遂跪伏在地，痛哭流涕。有了谢基的默契配合，现场的气氛顿时变得无比伤感。湘州城防副司令（湘州助防）陈正理当即起身，环视众人，说：“主辱臣死。诸君难道都不是陈朝的臣子吗？如今天下有难，便是我等尽忠效死之秋，纵然於大局无补，也可见出人臣节操。今日共赴国难，不可再迁延犹豫，若贪生怕死、畏缩不前者，现在便可将其斩首！”众人相顾片刻，随即纷纷起身，都表示愿与湘州共存亡。
人都是有从众心理的。在面对危险时，如果有人出头，再有一两个人跟进，其他人势必也会一拥而上。比如前不久的海航劫机事件，如果不是有人率先喊出：“你们还是男人吗？都他妈上啊！”并冲上去跟恐怖分子搏斗，那么就不会有更多的乘客加入反抗的行列，并最终挫败劫机阴谋。在这里，起关键作用的并不是这架客机的机组人员和乘客的道德素质或道德勇气，而是有没有人愿意在众人沉默的时候挺身而出。我相信，同样在这架客机上，如果没有第一个喊打的人，那么所有人可能都会变成沉默而冷漠的大多数，事件的结局也会全然不同。
所以，在这场酒宴上，陈正理这番慷慨激昂的话语就是第一个喊打的声音。当天，在场的所有文武官吏歃血为盟，并迅速制定了一个保卫湘州的计划。
众人决定以诈降的方式诱捕庞晖。
随后，陈叔慎便派人与庞晖接触，表示愿意投降。庞晖信以为真，带着一小队士兵就进城来了。陈叔慎设下埋伏，一举将其生擒，并装入囚车游街示众，最后将其全部斩首。紧接着，陈叔慎开始招兵买马，几天时间就募集了五千余人。同时，附近的衡阳（今湖南株洲市西南）太守樊通、武州（今湖南常德市）刺史邬居业也率部前来增援。
隋朝得知庞晖被杀，又派遣大将薛胄南下，并命刘仁恩和他配合，从北面和西面同时进攻湘州。陈叔慎闻报，急命陈正理和樊通出兵迎击薛胄，命邬居业迎战刘仁恩。然而，陈军虽有誓死保卫家园的斗志和勇气，却远远不具备与之配套的战斗力。两个方向的战斗同时打响后，陈军双双遭遇失败。陈正理、樊通、邬居业都被生擒，部众溃散。薛胄乘胜杀进湘州，抓获陈叔慎，并将其与陈正理等人全部押赴汉口，交给秦王杨俊。
等待陈叔慎他们的命运当然只有一个，那就是杀头。
这个年轻的陈朝亲王，终於为自己的国家流尽了最后一滴血。
建康陷落时，陈朝在太湖一带还拥有一定的势力。后梁宗室成员萧瓛，投降陈朝后被任命为吴州（今江苏苏州市）刺史，颇受士民拥戴。陈亡后，萧瓛被士民拥立为抗隋盟主。
当时，负责攻击萧瓛的隋军有水陆两路：陆路由隋左卫大将军宇文述率领，从北面攻击吴州；水路由燕荣率领，由海上登陆，自东面攻击吴县（今苏州吴中区）。